Tahsil dairesi olarak vergi daireleri, mevcut iş yoğunluğu, teknolojik alt yapı ve personel yetersizliği ve kurumlara arası koordinasyon eksikliği gibi idari nedenlerden dolayı bir kısım vergi borçlarının takibini etkin bir şekilde yapamamaktadır. Kamu alacağının zamanaşımına uğrayarak ortadan kalkmasına neden olacak bu durumu önlemek ve tahsil zamanaşımını kesmek amacıyla uygulamada vergi dairesi çalışanları tarafından mükellefler adına (mükelleflerin ve/veya kanuni temsilcilerinin bilgisi ve rızası dışında) zamanaşımına uğrayacak borçlar için borç tutarının sembolik bir kısmının ödenip ödeme makbuzunun da kişinin dosyasına koyulduğu görülmektedir.
Vergi dairesi tarafından özellikle zamanaşımının son günlerinde bu yönteme başvurulmasının en önemli nedeni, borçlu mükellefin bilinen adresinin tespit edilememesi veya tahsilat için gerekli her türlü tahkikat ve takibatın zamanında yapılmaması nedeniyle kamu alacağının tahsil edilememiş olmasıdır. Vergi dairelerince sıkça yapılan bu uygulamayla; bir taraftan süresinde tahsil edilemeyen vergi borçlarının zamanaşımı yoluyla kaybedilmesi önlenmek istenmekte, diğer taraftan da bu durumun doğurabileceği hukuki sakıncalarla (zamanaşımından sorumlu tutulmak gibi) karşılaşılmamasına çalışılmaktadır.Bu şekilde vergi dairesi çalışanlarının gerçekleştirdiği sembolik ödemeler, kendi hatalarının vergi mükellefine yansıtılmasından başka bir şey değildir. Burada akla gelen ilk soru, alacaklı vergi dairesinde görevli memurlar tarafından yapılan bu sembolik ödemelerin tahsil zamanaşımını kesip kesmeyeceği hususudur.
Vergi borcunu sona erdiren en doğal neden ödemedir. Vergi Usul Kanunu’nun 23. maddesine göre ödeme, vergi

borcunun yükümlü tarafından yasalara uygun biçimde yerine getirilmesidir. Bu bakımdan vergi borcunu sona erdiren ve/veya tahsil zamanaşımını kesen bir neden olarak kabul edilecek ödeme, borçlusu tarafından yapılan bir ödemeyi ifade etmektedir. Tahsil daireleri amme alacağının tahsilinde zamanaşımını resen dikkate almak zorundadırlar. Çünkü zamanaşımına ilişkin hüküm kamu düzeni hükmüdür.
6183 sayılı Kanun’un 103. maddesinde vergi borcuna ilişkin yapılan ödemenin tahsil zamanaşımını keseceği belirtilmiştir. Ancak bu ödemenin kim tarafından yapılacağı veya borç miktarının ne kadarlık bir kısmı için ödeme yapılması halinde zamanaşımını keseceği hususu herhangi bir hükme bağlanmamıştır. Bununla birlikte ödemenin 6183 sayılı Kanun’un 40 ve 41’inci maddelerinde yazılı esaslar dahilinde yapılacağı açıktır. Zira kanuna uygun şekilde yapılan ödeme, ancak bu yolla rızaen yapılan tahsil işlemine ifade eder. Ödeme 6183 sayılı Kanun’un 40. maddesi uyarınca yapılmışsa, bu maddede ön görülen alacaklı tahsil dairesinin yetkili memurları tarafından kesilecek makbuzun tarihi, ödemenin yapıldığı tarihi göstereceğinden zamanaşımı o tarih itibariyle kesilmiş olur. Kanun’a uygun olarak yapılan ödemelerin zamanaşımını keseceği açıktır.
Ancak borçlunun kendi istek ve iradesi ile yapılmayan ödemeleri, kanuna uygun ödeme olarak kabul etmek ve bu nitelikteki ödemelerin kanunun yüklediği misyonu yerine getirdiğini (tahsil zamanaşımını kestiğini) söylemek mümkün değildir. Zamanaşımının kesilmesini sağlamak amacı ile alacaklı tahsil dairesinin görevlilerince yapılan ödemeleri de bu şekilde (yasaya uygun olmayan ödemeler olarak) değerlendirmek gerekir. Zira her şeyden önce bir ödemenin tahsil zamanaşımını kesmesi için söz konusu ödemenin kanuna uygun bir şekilde yapılması gerekmektedir.Bu bakımdan borçlunun bilgisi ve rızası dışında vergi dairesi çalışanları tarafından (muvazaalı olarak) yapılan sembolik ödemelerin tahsil zamanaşımını kesmesi mümkün olmayacaktır. Çünkü Kanun’da yer alan ibare açıktır ve borçlunun kendi isteğiyle ödeme yapması durumunu vurgulamaktadır.
Öte yandan bu uygulamanın genellikle zamanaşımı süresinin son günlerine doğru yapılması ve yapılan ödemelerin çok cüz’i miktarlarda olması, ödemenin bilinen adresi tespit edilemeyen ve o zamana kadar amme alacağı tahsil edilemeyen mükellefler adına yapılması hayatın doğal akışı çerçevesinde değerlendirildiğinde kabul edilebilir bir durum değildir. Zira bu durum, vergi dairesinin kendi eksiklik ve hatasının vergi mükellefine yansıtılmasından başka bir şey değildir. Vergi dairesi çalışanlarınca böyle bir yola başvurulmasıyla zamanaşımının beş yıl daha uzatılması amaçlanmaktadır. Bu bakımdan vergi idaresi çalışanlarınca işlenen bu fiil, hangi sebeple olursa olsun yasaya karşı muvazaa anlamına gelmekte olup mükellef haklarının çiğnenmesine sebebiyet vermektedir.Ayrıca bu uygulamanın mükellef hukuku, hukuk devleti anlayışı ve hukuk güvenliği ilkeleri açısından da savunulması mümkün değildir.
Bu uygulama zamanaşımı müessesesinin getiriliş amacına da ters düşmektedir. Çünkü vergi hukukunda zaman aşımı devletle yükümlü arasında var olan borç-alacak ilişkisini ortadan kaldıran bir nedendir. Vergi hukukunda zaman aşımı, alacaklı kamu idaresinin kanunda belirlenmiş süreler içinde vergiyi tarh ve yükümlüye tebliğ etmemesi veya tahsil aşamasına gelmiş vergiyi gerekli işlemleri yaparak yine belirli süreler içinde tahsil etmemesi halinde, bu işlemleri yapma yetkisini ortadan kaldırmaktadır. Vergi hukukunda zamanaşımının kabul edilmesindeki başlıca neden, özel hukukta olduğu gibi kamu yararıdır. Bu bakımdan vergi hukukunda zamanaşımı müessesesinin getirilişin bir takım amaçları bulunmaktadır. Vergi hukukunda zamanaşımı, vergi idaresine etkinlik kazandırmaktadır; vergi idaresinin alacaklarını izleme konusunda daha titiz ve dikkatli olmasını sağlamaktadır; devlet ile yükümlü arasındaki hukuki ilişkinin uzun süre askıda kalmasını önlemektedir; gerektireceği giderler göz önüne alındığında, devletin takip ve tahsili uzun süre gecikmiş vergileri izlemesini önlemektedir; defter ve belgeler zaman içinde yitirmiş olabileceği ve ispat zorlukları doğabileceğinden, yükümlünün ömür boyu defter ve belgeleri saklama külfetini ortadan kaldırmaktadır; yargı organlarının iş yükünü azaltmaktadır.
Devlet ile yükümlü arasındaki hukuki ilişkinin (vergi ilişkisinin) uzun süre askıda kalması kamu yararına ters düşer. Zamanaşımı vergileme yetkisini belirli bir süre ile sınırlayarak kamu yararının gerçekleşmesini sağlar. Devlet vergiden doğan alacak hakkını belirli bir süre içerisinde kullanmamışsa, bu hakkını daha sonra kullanmak istemesi hem vergi yükümlüsünün hem toplumun çıkarlarına hem de evrensel vergilendirme prensiplerine aykırıdır. Bu nedenle devletin belli süreler geçtikten sonra alacak hakkını kullanmak istemesi vergi hukukunda kabul edilmemiştir. Kaldı ki bu durum zamanaşımı müessesesinin getiriliş amacına ve ruhuna da aykırılık teşkil edecektir.