Vergi uyuşmazlıklarının çözümlenmesinde, diğer bir aşama, uyuşmazlıkların yargı aşamasında çözümlenmesidir. Vergi yargısının görev alanına, idari yollara başvurularak çözümlenemeyen ya da bu yollara hiç gidilmeden yargısal olarak çözümlenmek istenen uyuşmazlıklar girmektedir. Bu bölümde vergi uyuşmazlıklarının yargısal çözüm yolları ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.
1. Vergi Yargı Organları
Türkiye’de bugünkü yargı sisteminin tam olarak 1980 ihtilalinden sonrageliştiğini ve 1982 yılından itibaren de sistematik hale geldiğini görüyoruz. 1982 yılına kadar vergi uyuşmazlıklarının vergi dairesi bünyesinde kurulmuş bulunan komisyonlarla çözümlenmekteydi. Komisyon kararlarına itiraz ancak Danıştay’a
yapılabiliyordu. Çünkü 1982 yılına kadar ülkemizde vergi mahkemeleri yoktu. Bu mahkemeler 1982 yılından itibaren kurulmaya başlanmıştır.
Vergi Mahkemeleri
Vergi mahkemeleri, Danıştay’ın ilk derece mahkeme sıfatıyla baktığı davaların dışındaki davalar hariç vergi yargısında ilk derece mahkemelerdir. Adalet Bakanlığı tarafından bölgelerin ihtiyaçlarına göre kurulur. 6.1.1982 tarihli 2576 sayılı kanunla vergi mahkemelerinin görevleri düzenlenmiştir.

Vergi mahkemeleri
a) Genel bütçeye, il özel idareleri, belediye ve köylere ait vergi, resim ve harçlar ile benzeri mali yükümler ve bunların zam ve cezaları ile tarifelere ilişkin davaları,
b) (a) bendindeki konularda 6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanunun uygulanmasına ilişkin davaları çözümler.Vergi mahkemesinde kararlar bir başkan ve iki üyeden oluşan heyet tarafından alınmaktadır ve bu kararlara karşı itiraz mercii Danıştay’dır. Ancak zam ve cezaları kanunda belirtilen ve her yıl yeniden değerleme oranında arttırılan tutarı geçmeyen davalar tek hakimin vereceği kararla çözümlenmektedir ve bu karara ancak Bölge İdare Mahkemesinde itiraz edilebilir. Bölge İdare Mahkemesinin vermiş olduğu kararlar kesindir ve bunun için Danıştay’a başvurulamaz (2576 sayılı Kanun m.7). Vergi mahkemelerinin başkan ve üyelerinin adli yargıda görev yapan hakimlerden bir farkı yoktur. Ayrıca hukuk fakültesini bitirme zorunlulukları da yoktur. İktisadi İdari Bilimler Fakültesi mezunları da bakanlığın açtığı sınavları başarmak suretiyle vergi mahkemesi üyesi olabilirler.
Bölge İdare Mahkemeleri
06.01.1982 tarih ve 2576 sayılı kanunla kurulan bölge idare mahkemeleri, Kanunla verilen görevleri yerine getirmek üzere kurulmuş genel görevli bağımsız mahkemelerdir. Bölge idare mahkemeleri, bölge idare mahkemesi başkanı ile iki üyeden oluşmaktadır. Bölge İdare Mahkemesi başkan ve üyeliklerine Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulunca atama yapılır.
Bölge idare mahkemeleri, yargı çevresindeki idare ve vergi mahkemelerinde tek hakim tarafından verilen kararları itiraz üzerine inceler ve kesin olarak hükme bağlar. Ayrıca yargı çevresindeki idare ve vergi mahkemeleri arasında çıkan görev ve yetki uyuşmazlıklarını kesin karara bağlar, ve diğer kanunlarla verilen görevleri yerine getirir.
Danıştay
2575 sayılı Danıştay kanununun 1. maddesine göre Danıştay Türkiye Cumhuriyet Anayasası ile görevlendirilmiş Yüksek İdare Mahkemesi, danışma ve inceleme merciidir. 2575 sayılı kanuna göre Danıştay meslek mensupları Danıştay başkanı Danıştay başsavcısı Danıştay başkan vekilleri daire başkanları ve üyelerden oluşur.
Danıştay; on bir dava dairesi ikisi idari olmak üzere on üç daireden oluşur. Dava dairelerinden üçüncü, dördüncü yedinci dokuzuncu ve on birinci dava daireleri vergi uyuşmazlıklarına bakmakla görevlendirilmiştir.
Genel olarak Danıştay’ın görevleri şunlardır:
a) İdare mahkemeleri ile vergi mahkemelerinin verdikleri kararlar ve ilk derece mahkemesi olarak Danıştay da görülen davalarla ilgili kararlara karşı temiz istemlerini incelemek ve karara bağlamak.
b) Danıştay kanununda yazılı idari davaları ilk ve son derece mahkemesi olarak karara bağlamak
c) Başbakanlık ve bakanlar kurulunca gönderilen kanun tasarı ve teklifleri hakkında görüş bildirmek
d) Tüzük tasarılarını ve imtiyaz sözleşme şartnamesini incelemek
e) Devlet Başkanlığı ve Başbakanlık tarafından gönderilen işler hakkında görüş bildirmek
f) Danıştay kanunu ile ve diğer kanunlarla verilen görevleri yapmak.
Danıştay’ın ilk derece Mahkemesi Olarak ise Görevleri Şunlardır:
a) 2575 sayılı Danıştay kanunu 24. maddesinin 1. fıkrasına göre Danıştay ilk derece mahkemesi olarak Bakanlar Kurulu kararlarına ,
b) Müşterek kararnamelere,
c) Başbakanca alınan kararlara,
d) Bakanlıkların düzenleyici işlemleri ile kamu kuruluşlarının veya kamu kurumu niteliğindeki meslek kuruluşlarının çıkardığı ve ülke çapında uygulanacak düzenleyici işlemlere,
e) Danıştay idari dairelerince veya idari işler kurulunca verilen kararlar üzerine uygulanan eylem ve işlemlere,
f) Birden çok idare ve vergi mahkemesinin yetki alanına giren işlere,
g) Yabancı ülkelerde görevli makamlarca alınan kararlara,
h) Danıştay yüksek disiplin kurulu kararlarına,
i) Vergi Usul Kanunu gereğince şikâyet yoluyla vergi düzeltme taleplerinin reddine ilişkin işlemlere ve yüksek öğretim kurulu ve üniversiteler arası kurul kararlarına karşı açılacak iptal ve tam yargı davaları ile imtiyaz sözleşmelerinden doğan idari davaları çözümler.