İhtirazi kayıt, “mükelleflerin, kendi beyanlarına göre yapılan işlemler aleyhine dava açamayacakları” şeklindeki kurala karşı geliştirilen ve bu işlemlere de yargı denetimi sağlayan bir yargılama usulü müessesesidir. Mükellefler, duraksamaya düştükleri konularda, beyanlarını idari anlayış ve yorum doğrultusunda yapmakla birlikte, bu anlayış ve yoruma karşı dava haklarını ihtirazi kayıt dilekçesi ile saklı tutmak suretiyle, idari anlayış ve yorumun yargı denetiminden geçmesini sağlayabilmektedirler.
İhtirazi kayıt müessesesi ilk önceleri mevzuatta yer almamakla beraber uygulamada gelişmiş ve İdari Yargılama Usul Kanunu’nun 27/4 fıkrasındaki: “Vergi mahkemelerinde, vergi uyuşmazlıklarından doğan davaların açılması, tarh edilen vergi, resim ve harçlar ile benzeri mali yükümlerin ve bunların zam ve cezalarının dava konusu edilen bölümünün tahsil işlemlerini durdurur. Ancak, 26. maddenin 3 üncü fıkrasına göre işlemden kaldırılan vergi davası dosyalarında tahsil işlemi devam eder. Bu şekilde işlemden kaldırılan dosyanın yeniden işleme konulması ile ihtirazi kayıtla verilen beyannameler üzerine yapılan işlemlerle tahsilât işlemlerinden dolayı açılan davalar, tahsil işlemini durdurmaz.

Bunlar hakkında yürütmenin durdurulması istenebilir.” düzenleme ile mevzuatımıza girmiştir.
Vergi Daireleri İşlem Yönergesi’nin 39/3 maddesinin “ İhtirazi Kayıtla Verilen Beyannameler Üzerine Yapılacak
İşlemler Mükelleflerce kanuni gerekçe gösterilerek beyan edilen matrah veya matrah kısmı üzerinden
tarh edilen vergiye dava hakkının saklı tutulması yolunda beyannameye yazılı nota ihtirazi kayıt adı
verilir. Bu şekilde verilen beyannameler üzerine süresinde verilen beyannameler için yapılan işlemler aynen
yapılır. İhtirazi kayıtla verildiği şerhi düşülen tahakkuk fişi, beyanname ile birlikte değerlendirme
masasına verilir. “şeklindeki düzenlemesiyle de vergi idaresi ihtirazi kayıtla verilen beyannamelere ne şekilde işlem
yapılacağına izahat getirmiştir.
İhtirazi kayıtla verilen beyanname üzerine düzenlenen tahakkuk fişinin iptali istemiyle açılacak davada
dava açma süresinin, tahakkuk fişinin düzenlenme tarihinden itibaren başlaması gerekmektedir.
Dava açma süresi tahakkuk fişinin tebliği tarihini izleyen 30 gündür. Dava açılmaması ya da bu sürelerden sonra dava açılması ihtirazi kayıtla beyanname verilmesini geçersiz kılar. Bu durumda bu beyannameler normal verilen beyannamelerden farksızdır.