Vergi hatalarının idari başvuruya rağmen düzeltilmesi mümkün olmayabilir veya idarece re’sen düzeltme yetkisi vergi mükellefinin aleyhine sonuç doğuracak şekilde kullanılabilir. Bu durumda, vergi mükellefi hakkını, ancak yargısal başvuru yoluyla, yani dava açarak kullanabilir.
Dava yolu, düzeltme isteminde bulunup bulunulmamasına, idarenin re’sen düzeltme yetkisinin kullanılmasının sonucuna, düzeltme isteminin yapıldığı zamana bağlı olarak değişiklik gösterebilir.
Tebliğ edilen vergilendirme işleminde vergi hatası bulunması halinde, ilgilinin, düzeltme yoluna başvurmadan, dava açma süresi içinde hatalı olduğunu iddia ettiği vergilendirme işlemine karşı doğrudan dava açması mümkündür.
Burada salt vergilendirme işleminde yer alan hataların hukuka aykırılık nedeni olarak ileri sürülme zorunluluğu yoktur, tarhiyata ilişkin olarak ilişkin iddialar da bu aşamada açılan davada ileri sürülebilir. İlgili dava açmakla birlikte vergi hatasının düzeltilmesini idareden talep etme hakkına da sahiptir. Bu durumda, dava sonuçlanmadan, idare tarafından vergi hatasının varlığı kabul edilerek gerekli düzeltme yapılırsa, mahkemenin, davanın konusuz kaldığına ya da davanın vergi ile ilgili kısmının idarece kabul edildiğine karar vermesi gerekir.
İdarece re’sen düzeltmeye konu yapılan ve yükümlüsü bakımından aleyhe sonuçlar doğuran düzeltme işlemlerine karşı, yükümlü tarafından, tebliğ tarihinden itibaren 30 günlük dava açma süresi içerisinde, yetkili vergi mahkemesinde dava açabilir. Açılan davada vergi hatasının bulunmadığı, zamanaşımı süresinin geçirildiği gibi iddialar ileri sürülebilir.

Danıştay Vergi Dava Daireleri Kurulu, dava açma süresi içerisinde yapılan düzeltme talebinin reddi ve keyfiyetin Vergi Usul Kanunun 123’üncü maddesine düzeltme isteyene tebliği halinde, yükümlünün İdari Yargılama Usul Kanunu’nun 11.maddesinde belirtilen dava açma süresi içerisinde vergi mahkemesinde dava açabileceğini kabul etmektedir.
Dava açma süresinin geçirilmesinin ardından düzeltme yoluna başvurulması halinde, şayet düzeltme talebi yerinde görülmezse, yükümlü şikayet yoluyla, Genel Bütçeye giren vergi ve cezalarıyla ilgili olarak Maliye Bakanlığına; il özel idare vergileri ve bu vergilere bağlı vergi cezaları ile ilgili olarak da, ilgili belediye başkanlığına başvurabilir.
Şikayet yoluna başvurulabilmesi için daha öncede belirtildiği gibi vergilendirme işlemine karşı vergi mahkemesinde dava açma süresinin geçirilmiş olması ve düzeltme talebinde bulunulmuş olması gerekmektedir.( Bazı Danıştay kararlarında itiraz edilmeden doğrudan şikayet yoluna başvurulması halinde de artık idarenin görüşünün ortaya çıkmış olduğu gerekçesiyle işin esasına girilmesi gerektiğine karar verilmiştir.)
Şikayet başvurusunun düzeltme zamanaşımı içerisinde yapılmış olması gerekmektedir. Burada üzerinde durulması gereken bir diğer husus dava açma süresi geçirildikten sonra yapılan hata düzeltme başvurusunun reddine ilişkin işlemin dava konusu yapılıp yapılamayacağıdır. Hata düzeltme başvurusunun reddi ya da reddedilmiş sayılmasına ilişkin işlemler doğrudan vergi mahkemesinde dava konusu yapılamaz. Çünkü söz konusu karar idari davaya konu edilebilecek kesin ve yürütülebilir işlem niteliğinde değildir.
Bu retişlemine karşı şikâyet yolunun tüketilerek kesin ve yürütülebilir bir işlem haline getirilmesi gerekmektedir. Bu da iki şekilde ortaya çıkabilecektir; ya idare hata düzeltme isteminin reddine karar verecek, ya da söz konusu itiraza herhangi bir yanıt vermeyerek zımnen reddedecektir. Bu iki şekilde şikâyet yoluyla gerekli başvuru yolları tüketilerek işlem kesin ve yürütülebilir hale gelecek ve idari davaya konu edilebilecektir. Hata düzeltme başvurusunun kısmen reddi halinde de yükümlü tarafından kısmen redde ilişkin kısım idari davaya konu edilebilecektir.