Vergi yargısının idari yargı içerisinde yer aldığı modelin kaynağı Fransa’dır. Türkiye de benimsenen modelde budur. Vergi yargısının idari yargının bir dalı olarak kurulmasının iki nedeni bulunmaktadır. Bunlardan birincisi, geleneksel nedendir: Türkiye’de Tanzimat Döneminden itibaren yerleşmeye başlayan idari yargı Fransız modelinden esinlenerek, vergi yargısını da kapsaya gelmiştir. 1982 değişiklikleri de bu geleneği sürdürmüştür. İkincisi ise, vergi hukukunun idare hukukunun bir alt dalı olmasıdır.
Bu ilişki, vergi hukukunda ve vergi yargılama hukukunda genel idare hukukunun ve idari yargılama usulü temel ilkelerinin geçerli olmasını zorunlu kılar. Bir davaya baktığı sırada vergi yargıcı, işlemlerin hukuka uygunluğunu idare mahkemesi yargıcı gibi denetleyecektir; idare hukukunun işlem teorisini esas tutacaktır.
Türkiye’de halen vergi yargısı 06.01.1982 tarihinde kabul edilen üç kanunla düzenlenmiş bulunmaktadır. Bunlar 2575 sayılı Danıştay Kanunu, 2576 sayılı Bölge İdare Mahkemeleri, İdare Mahkemeleri ve Vergi Mahkemelerinin Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun ve 2577 sayılı İdari Yargılama Usul Kanunu’dur.
Bölge idare mahkemeleri, idare mahkemeleri ve vergi mahkemeleri bu kanunlarla verilen görevleri yerine getirmek üzere kurulmuş genel görevli bağımsız mahkemelerdir. Vergi mahkemeleri, bölgelerin coğrafya ve iş durumlarına göre, İçişleri, Maliye ve Gümrük Bakanlığının görüşü alınarak Adalet Bakanlığı’nca kurulur ve yargı çevreleri belirlenir. Adalet Bakanlığı söz konusu mahkemelerin kuruluşunda ve yargı çevrelerinin belirlenmesinde İçişleri ve Maliye Bakanlıkları’nın görüşlerini alır

1 – Vergi Mahkemeleri

Danıştay’ın ilk derece mahkemesi olarak bakması gerekenler dışında kalan vergi uyuşmazlıklarına bakma görev ve yetkisi vergi mahkemelerine aittir. Vergi mahkemelerinde birer başkan ve yeteri kadar üye bulunmaktadır. Mahkeme kurulları, başkan ile iki üyeden oluşmaktadır. Başkanın yokluğunda, kıdemli üye başkana vekillik etmektedir. 2576 sayılı Kanun’un 6’ıncı maddesinde vergi mahkemelerinin görevleri düzenlenmiştir.
Buna göre;
a) Genel bütçeye, il özel idareleri, belediye ve köylere ait vergi, resim ve harçlar ile benzeri mali yükümler ve bunların zam ve cezaları ile tarifelere ilişkin davaları,
b) yukarıda belirtilen konularda 6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanunun uygulanmasına ilişkin davaları,
c) diğer kanunlarla verilen işleri çözümler Vergi mahkemelerinde davaları yalnızca tarh ve tahakkuk ve tahsil aşamasına ulaşmış işlemler ile sınırlamak mümkün değildir. İdarenin vergilemeden önce ya da sonra tesis ettiği bir takım vergiye ilişkin kesin ve icrai işlemlerin idari davaya konu edilmelerine engel yoktur.
Bu konuda kanunlarla Bakanlar Kurulu’na ve bakanlıklara verilen düzenleme yetkileri kullanılarak tesis edilen, istisna ve muaflıklara ilişkin işlemler de idari davaya konu edilebilir.

2 – Bölge İdare Mahkemeleri

Bölge idare mahkemeleri, bölgelerin coğrafya ve iş durumlarına göre, İçişleri, Maliye ve Gümrük Bakanlığının görüşü alınarak Adalet Bakanlığı’nca kurulur ve yargı çevreleri belirlenir. Adalet Bakanlığı söz konusu mahkemelerin kuruluşunda ve yargı çevrelerinin belirlenmesinde İçişleri ve Maliye Bakanlıkları’nın görüşlerini alır.
Bölge idare mahkemeleri bir başkan ve iki üyeden oluşur. Yapıları bakımından iki tür bölge idare mahkemesi vardır. Birinci türde bölge idare mahkemesi üyeliği, görevi bölgede bulunan idare ve vergi mahkemeleri başkanlarınca; diğer türde ise, bu görev bölge idare mahkemelerine atanan devamlı üyelerce yerine getirilir.
Günümüzde bölge idare mahkemeleri, atanan devamlı üyelerden oluşmaktadır. 2576 sayılı Kanun’un 8’inci maddesine göre bölge idare mahkemelerinin vergi yargılaması bakımından görevleri şunlardır.
Buna göre;
a) Yargı çevresindeki vergi mahkemelerinde tek hâkim113 tarafından 7 nci madde hükümleri uyarınca verilen kararları itiraz üzerine inceler ve kesin olarak hükme bağlar.
b) Yargı çevresindeki idare ve vergi mahkemeleri arasında çıkan görev ve yetki uyuşmazlıklarını kesin karara bağlar, c) Diğer kanunlarla verilen görevleri yerine getirir. Bölge idare mahkemeleri, bu maddede sayılan görevleri yerine getiren mahkemelerdir. Vergi yargılaması hukuku bakımından bölge idare mahkemelerinin ilk derece mahkemesi olarak herhangi bir görevi bulunmamaktadır.
Bu itibarla vergi yargılaması hukukunda doğrudan doğruya bölge idare mahkemesinde dava açılması mümkün değildir. Bölge idare mahkemeleri, idare ve vergi mahkemelerinin tek hâkimle verdikleri kararlar ile bu mahkemelerin yürütmeyi durdurma taleplerine ilişkin olarak verdikleri kararları itiraz  üzerine incelemektedir.

3 – Danıştay

Danıştay, idare ve vergi mahkemelerince verilen ve kanunun başka bir idari yargı yerine bırakmadığı karar ve hükümlerin son inceleme yeri, yasayla belirlenmiş bazı davalarda ilk ve son derece inceleme yeri, yasayla belirlenmiş bazı davalarda da ilk ve son derece mahkemesidir. Danıştay’ın ilk derece mahkemesi sıfatıyla üstlenmiş olduğu görevler, sayıları 13 olan dava daireleri tarafından yerine getirilir. Bu dairelerden dördü, vergi uyuşmazlıklarından doğan idari davalarla görevli olduklarından, “vergi dava daireleri” olarak adlandırılmaktadır. Vergi dava daireleri olarak adlandırılan bu daireler; Üçüncü, Dördüncü, Yedinci ve Dokuzuncu dairelerdir.

Danıştay’ın dava daireleri dışında, Vergi Dava Daireleri Kurulu ile İçtihadı Birleştirme Kurulu, vergi uyuşmazlıklarının çözümü vergi hukukunun gelişmesi açısından önemli rol oynamaktadır. Danıştay’ın vergi hukukuna ilişkin genel düzenleyici işlemlerden kaynaklanan uyuşmazlıklarda ilk derece mahkemesi olarak görev yapmaktadır. Bakanlıkların düzenleyici işlemleri ile kamu kuruluşlarının veya kamu kurumu niteliğindeki meslek kuruluşlarının çıkardığı ve ülke çapında uygulanacak düzenleyici işlemlere karşı açılan davalara ilk derece mahkemesi olarak Danıştay da bakılmaktadır.
Bazı özel vergi kanun hükümleri gereğince Danıştay da ilk derece mahkemesi olarak bakılan davalarda vardır. Danıştay; onikisi dava, biri idari daire olmak üzere onüç daireden oluştuğunu ve bu dairelerden dört tanesinin vergi uyuşmazlıklarından kaynaklanan ihtilafları çözümlemekle görevli olduğunu daha önce belirtmiştik.
Danıştay’ın sözü edilen daireleri bir başkan ve en az dört üyeden kurulur, uyuşmazlılar beş kişilik heyetçe görüşülür ve kararlar çoğunlukla verilir. İlgili dairelerde yeteri kadar tetkik hakimi bulunur. Danıştay’ın vergi uyuşmazlıklarının çözümü ile görevli dairelerinin görevleri 2575 sayılı Danıştay Kanununda şu şekilde düzenlenmiştir;
Üçüncü daire,
-Vergi mahkemeleri arasında görev ve yetkiye ilişkin uyuşmazlıklarda ve bağlantılı davalarda merci tayinine
– Vergi, resim ve harçlarla ilgili olup diğer vergi dava dairelerinin görevleri dışında kalan  işlere, İlişkin dava ve işleri çözümler.
Dördüncü daire,
-Gelir ve kurumlar vergilerine ilişkin davaları çözümler.
Yedinci daire,
-Gümrük ve gider vergileri ile ithale ilişkin vergilere – İşletme vergisine,
-Motorlu taşıtlar ve taşıt alım vergilerine,
-Veraset ve intikal vergilerine,
-Damga vergisine ve dış seyahat harcamaları vergilerine. İlişkin davaları çözümler.
Dokuzuncu daire,
– Emlak vergisine ve emlak alım vergisine,
-Gayrimenkul kıymet artışı vergisine,
-Köy, belediye ve özel idare vergi, resim, harç ve payları ile bunların diğer gelirlerine ve bunlara ait tarifelere,
– Harçlar Kanununa, İlişkin davaları çözümler.