Yükümlüler ile gümrük idareleri arasında en çok ihtilafa konu edilen hususlar:
1)  Royalti-lisans ödemeleri
Eşyanın ithali sonrasında yapılacak royalti-lisans ödemelerinin ithal anında gümrük idaresine beyan edilmemesi nedeniyle, gümrük idaresince yapılan inceleme veya sonradan kontrol neticesinde royalti lisans ödemesi üzerinden ek vergi ve ayrıca verginin 3 katı para cezası verilebilmektedir.
2) Transfer fiyatlandırması kapsamında fiyat düzeltmeleri
Eşyanın ithali sonrasında transfer fiyatlandırması çerçevesinde ithal eşyasının fiyatında yapılan
düzeltmeler çerçevesinde debit note veya fiyat farkı ödemelerinin beyan edilmemesi nedeniyle, gümrük idaresince yapılan inceleme veya sonradan kontrol neticesinde fiyat artışları üzerinden ek vergi ve ayrıca verginin 3 katı para cezası verilebilmektedir.
3)  Tarife farklılıkları
Gümrük idaresince beyan aşamasında yapılan muayene ve denetleme veya teslimden sonra kontrol sonucunda yapılan denetlemelerde eşyanın tarifesinin yanlış beyan edilmesi gerekçesi ile muayene sonuçlarına göre alınması gereken ithalat vergileri üzerinden ek vergi ve ayrıca verginin 3 katı para cezası verilebilmektedir.
4)  Faturalardaki iskontolar
Peşin ödeme ve miktar iskontoları belli koşulları sağlaması halinde gümrük kıymetine dahil edilmesine gerekmemekte olup, bu tür iskontolar dışında yapılan iskontoların gümrük kıymetine dahil edilmemesi halinde, gümrük idaresince yapılan inceleme veya sonradan kontrol neticesinde iskonto miktarı üzerinden ek vergi ve ayrıca verginin 3 katı para cezası verilebilmektedir.
5)  Menşe uygulamaları
Tercihli gümrük oranlarından yararlanmak için sunulan menşe belgelerinin gerçek dışı veya
usulüne uygun olarak doldurulmaması nedeniyle, tercihsiz oranlar üzerinden ek vergi ve ayrıca verginin 3 katı para cezası verilebilmektedir.
6)  KDV Matrahına giren unsurlarda ihtilaflar
Gümrük kıymetine dahil olmamakla beraber KDV matrahına giren, ardiye ödemeleri, ordino, mesai ücreti, kur farkı ödemeleri gibi unsurların eksik veya hiç beyan edilmemesi durumunda, gümrük idaresince yapılan inceleme veya sonradan kontrol neticesinde bu unsurlar üzerinden ek KDV ve ayrıca verginin 3 katı para cezası verilebilmektedir.
7)  KDV oranına ilişkin ihtilaflar
Gümrük idaresince beyan aşamasında yapılan muayene ve denetleme veya teslimden sonra kontrol sonucunda yapılan denetlemeler sonucunda; KDV matrahı doğru olsa bile, KDV oranının doğru beyan edilmemesi gerekçesi ile ek vergi ve ayrıca verginin 3 katı para cezası verilebilmektedir.
8)  Dahilde işleme rejimi hükümlerinin ihlal edilmesi
Dâhilde işleme rejimine ilişkin hükümlerin ihlali halinde (örneğin rejimin öngördüğü sürede ihracatın yapılmaması veya ikincil işlem görmüş ürünlerin beyan edilmeden serbest dolaşıma sokulması gibi), rejim ihlali kapsamında ağır para cezaları uygulanabilmektedir.
9)  İthali lisansa, şarta, izne tabi eşyanı beyanı
Gümrük idaresince beyan aşamasında yapılan muayene ve denetleme veya teslimden sonra kontrol sonucunda yapılan denetlemeler sonucunda; eşyanın ithali, lisansa, şarta, izne veya belli kuruluşların vereceği uygunluk veya yeterlilik belgesine tabi olduğu ancak bu izinlerin alınmadığı tespit edilirse ağır para cezası uygulanabilmektedir.
10)  Belirgin şekilde farklı cinste eşya tespiti
Transit veya antrepo rejim beyanında bulunulan eşyanın belirgin şekilde farklı cinste olduğunun tespiti halinde, farklı çıkan eşyaya ilişkin ağır cezalar uygulanmaktadır.
11)  Antrepoda eksiklik/fazlalık çıkması
Gümrük idaresinin izni alınmadan antrepodan eşya çıkarılması veya değiştirilmesi ya da eşyanın bir kısmının fazla/noksan olduğunun anlaşılması hallerinde, bu eşyanın gümrük vergileri kadar ek tahakkuk ile ağır para cezaları uygulanabilmektedir.
12)  Muafiyet hükümlerine uyulmaması
Gümrük mevzuatındaki nihai kullanım hükümleri veya belirli durumlarda sağlanan gümrük
muafiyetlerine ilişkin koşulların ihlal edilmesihalinde eşyanın vergileri kadar ek tahakkuk ve para cezası uygulanabilmektedir.

13)  Özet beyana konu eşyanın noksan veya fazla çıkması
Özet beyana göre fazla/noksan çıkan kaplara ilişkin eksik yüklendiğinin kanıtlanamadığı takdirde, bu noksan kaplara ait para cezası uygulanabilmektedir.
14)  Mevzuata aykırı işlem yapılması
Gümrük Kanunu’na ve ikincil düzenlemelere aykırı olarak işlem yapılması dolayısıyla gümrük idarelerince usulsüzlük cezaları düzenlenebilmektedir