Tarh, tebliğ ve tahakkuk aşamalarından sonraki aşama verginin ödenmesi aşamasıdır. Ödeme nakden veya banka yoluyla olabileceği gibi mahsuben ödeme de yapılabilmektedir. Hatta aracınıza ait motorlu taşıtlar vergisini Gelir İdaresi’nin internet sayfası aracılığıyla kredi kartıyla ödemek mümkündür. Şayet vergi mükellefinin başka bir idari işlem nedeniyle örneğin katma değer vergisinden kaynaklanan bir iade alacağı bulunması halinde, mükellef bu alacağını diğer borçlarına mahsuben ödeyebilir.
Vergi kural olarak mükellefin bağlı olduğu vergi dairesine ödenir. Mükelleflerin mükellefiyet sicil kayıtları bağlı olduğu vergi dairesi tarafından tutulmakta olup, tüm mükelleflerin vergilendirmeye ilişkin bilgileri, borçları, ekonomik ve servetlerine ilişkin kayıtlar bağlı oldukları vergi dairesi tarafından takip edilmektedir. Günümüzde kredi kartı ile vergi ödeme kolaylıkları getirilmiş olup, bankalar tarafından yapılan bu tahsilatlar süresi içerisinde mükellefin bağlı olduğu ilgili vergi dairelerine aktarılır.