Vergi davaları ,düzeltme talebinin idarece reddi üzerine şikayet yoluyla Maliye Bakanlığına başvurulmakta ve buradan da red cevabı alınması durumunda, vergi mahkemesinde dava açma yoluyla başvurulabilmektedir.
İkinci durum, yani hukuki anlamda vergi uyuşmazlıkları ise, vergi veya usul kanunlarının uygulanmasından doğmakta ve uyuşmazlığın çözümü için doğrudan yargı yoluna gidilmektedir.
Vergi uyuşmazlıkları, 20.01.1982 tarihinde yürürlüğe giren Bölge İdare Mahkemeleri, İdare Mahkemeleri ve Vergi Mahkemelerinin Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun ile getirilen yeni uygulamaya kadarki dönemde; itiraz ve temyiz komisyonları ile Danıştay nezdinde çözüme ulaştırılabiliyordu.
2576 sayılı Kanun’un yürürlüğe girmesi ile itiraz ve temyiz komisyonları kaldırılarak, yargı organları, sistem ve yapı itibarıyla değişikliğe tâbi tutulmuş, vergi mahkemeleri ile bölge idare mahkemeleri kurulmuş; Danıştay ise eskiden olduğu gibi mali yargı organları içerisindeki yerini korumuştur.
Yapılan bu değişikliklerle, vergi davalarının daha kısa zamanda ve daha sağlıklı bir çözüme kavuşturulması amaçlanmıştır.
Yabancı ülkelerin çoğunda, vergi uyuşmazlıklarının öncelikle idari aşamada çözüm yollarının aranması, daha sonra yargı yoluna başvurulması zorunlu kılmamıştı. Ülkemizde böyle bir zorunluluk yoktur.
Vergi, yargısı, esas itibariyle, vergi mükellefi ile yergi idaresi arasında vergiye ilişkin işlemlerden dolayı ortaya çıkan uyuşmazlıkların çözümünü ifade etmektedir.
İdari yollara başvurarak çözümlenemeyen ya da bu yollara hiç gidilmeden, yargısal anlamda çözümlenmek istenen uyuşmazlıklar vergi yargısının görev alanına girer.
İdari Yargılama Usulü Kanunu’nda idari davalar, iptal davaları, tam yargı davaları ve genel hizmetlerden birinin yürütülmesi için yapılan idari sözleşmelerden dolayı taraflar arasında çıkan uyuşmazlıklara ilişkin davalar olmak üzere sınıflandırılmıştır. Vergi davalarında vergi mahkemeleri hangi davalara bakar ve vergi mahkemesine dava açma Vergi mahkemeleri hangi davalara bakar İdari dava türlerini belirleyen maddede, vergi davası sayılmadığı halde kanunun bazı maddelerinde vergi davalarından söz edildiği görülmektedir.
Vergi mahkemelerinde dava açma için her şeyden önce dava konusu yapılacak işlemin vergi mahkemelerinin görevlerinden olması gerekir. Diğer mahkemelerin ya da başka bir yargı kolunun görev alanına giren hususlarda vergi mahkemelerine dava açılamaz.
Örneğin, Vergi Usul Kanunu’nda düzenlenmiş olan kaçakçılık; kaçakçılığa iştirak (teşvik ve yardım dahil); vergi mahremiyeti esasına riayet etmemek, vergi muameleleri ve incelemeleri ile vergi mahkemeleri, bölge idare mahkemeleri ve Danıştay’da görevli olanların, mükellefin vergi kanunları ile ilgili hesap, yazı ve sair özel işlerini ücretsiz de olsa yapmaları gibi suçlar vergi kanunlarına aykırı fiiller dolayısıyla, ceza mahkemelerince hürriyeti bağlayıcı cezalara hükmolunmaktadır.
Nitekim İdari Yargılama Usulü Hakkındaki Kanun’da (İYUK) dava dilekçeleri üzerinden yapılacak olan incelemede, ilk olarak görev ve yetki yönünün inceleneceği, daha sonra sırasıyla idari merci tecavüzü, ehliyet, husumet, dilekçelerdeki şekil şartlan ve süre hususlarında usulsüzlük olup olmadığının araştırılması gerektiği hükme bağlanmıştır.