Vergi incelemesi,günümüzde vergiler, genellikle mükellefler tarafından beyan olunan mat­rahlar üzerinden alınmaktadır. Ancak, idare yalnızca bu beyanlarla yetin­memekte, zaman zaman mükelleflerin bildiriminin gerçeğe uygun olup ol­madığını, vergi incelemesi yapmak suretiyle araştırmaktadır.
Vergi incelemesi ; defter, hesap, kayıt ve belgeler ile gerekli görüldüğü takdirde karşıt araştırma ya da muhasebe dışı envanterden elde edilecek sonuç­lara göre, mükellefin ödediği vergilerin doğruluğunu araştırarak bunu sağla­mak ve saptamak amaçlanmaktadır. İnceleme sırasında, gerek duyulursa başka kaynaklardan da yararlanılır(.
İnceleme sonucu ödenen verginin gerçeğe uygun olmadığının fark edilmesi durumunda, düzenlenen vergi inceleme raporuna ya da buna da­yanarak takdir olunan matrah ya da matrah farkı üzerinden, vergi daire­since tarhiyat yapılmakta, mükellef ya da ceza sorumlularının ise, bulunan matrah veya matrah farkının gerçeğe uygun olmadığını öne sürmesi sonu­cu, uyuşmazlık doğmuş olmaktadır.
Örneğin, vergi incelemesi sırasın­da, mükellefin lehine ve aleyhine olan durumlar göz önüne alınarak mat­rah farkı bulunduğunun öne sürülmesi gerekmektedir. Mükellefin, kendi lehine olan durumlar göz önüne alınmadan matrah farkı bulunduğunu öne sürmesi sonucu, uyuşmazlık doğmuş olmaktadır.
Bu konuda başka bir ör­nek olarak da alıcılardan bir kısmının, faturada yazılı bedelden daha fazla ödeme yaptıklarına ilişkin ifadelerinin, kıyas yolu ile tüm alıcılara uygu­lanmak suretiyle matrah farkı bulunup bulunamayacağı gösterilebilir. Bu gibi durumlarda, satışlar belgelere yansıtılmakta ancak olduğundan da­ha düşük bir tutarda gösterilmektedir. Gerçek tutar ile belgede belirtilen tu­tar arasındaki fark kadar satış hasılatı gizlenmiş olmaktadır.
Benzeri bir uygulama da, alıcıya verilen faturayı gerçeğe uygun olarak düzenlemekte ancak, firmada saklanan ve kayıtlara yansıtılan fatura düşük değerli olmaktadır. Başka bir anlatımla, faturanın aslı ve suretinde yer alan tutarlar farklı olacak şekilde fatura düzenlenmesidir. Bazı mükellefler ise, fatura düzenlerken araya karbon kağıdı koymamakta, ilk nüshasını müşteriye verdikten sonra, iş yerinde kalan ikinci nüshayı dilediği gibi düzenlemektedirler. Mükellefin defter ve belgelerini ibraz etmeye yanaşmaması du­rumunda ise, vergi matrahı ya inceleme elemanlarınca belirlenmekte ya da ilgili komisyonlarca takdir olunmaktadır.
Bu şekilde bir matrah belirleme yoluna gidildiği durumlarda, müşterilere verilen faturalar tek tek ele geçirilemeyeceğinden, inceleme elemanı kendince, belli bir dönem kazancı tak­dir etmekte ve bunun üzerinden de, mükellefe vergi salınmaktadır. Salman vergiler ile kesilen cezaların tebliği ile mükellef ile idare arasında uyuş­mazlık doğmuş olmaktadır. Vergi incelemesi Vergi incelemesi genellikle satışların, alışların, giderlerin ve gelirle­rin araştırılması amacına yönelik olduğundan, bazı durumlarda defter, kayıt ve belgelerin yanı sıra kanuni ölçülere göre de matrah ya da matrah farkı bulunmakta veya buna olanak bulunmayan durumlarda, re’sen matrah ya da matrah farkı takdir olunmaktadır.
Mükellefler ise, Vergi inceleme eleman­larının öne sürdüğü tutarda satış yapmadıklarını, alıcılar nezdinde karşıt inceleme yapılmasını, fire durumunun göz önüne alınması ya da randı­man hesaplaması yapılmasını öne sürerek bulunan matrah farkını kabul etmeyerek salınan vergilerle kesilen cezaları uyuşmazlık konusu yapabil­mektedirler.
Bunların yanı sıra, giderlerinin gerçek olduğunu ya da işle ilgili bulun­duğunu veya gelirlerini gizlemediklerini belirterek, inceleme sonucu adlarına salman vergilere kesilen cezaları kısmen ya da tamamen uyuşmaz­lığa konu yapmaktadırlar.
Açıklamalardan da anlaşılacağı gibi, uyuşmazlığın ortaya çıkmasında temel etken vergi incelemesi olmasına rağmen, tek başına vergi inceleme­leri dava konusu yapılması mümkün değildir. Yapılan inceleme sonucu düzenlenen inceleme raporu da davaya konu edilemez.
İncelemeye dayalı olarak vergi tarhiyatı ve ceza kesme işlemleri davaya konu olabilir. Bu du­rumda vergi incelemesinin tek başına davaya konu olamayacağı; ancak da­va konusu olabilecek vergi tarhı ve/veya ceza kesme işleminin “dayanağı” niteliğini taşıdığı görülmektedir.